雨水倒灌不仅严重影响农田作业，而且还带来许多危害。雨水多为酸性，尤其是雷雨天气，常导致土壤酸化，严重影响农作物的正常生长。有的大棚排水不及时，造成土壤板结严重，含氧量低，透气性差，蔬菜种植后出苗慢，不利于根系生长。已经施过肥的大棚也会因雨水造成一部分肥料的流失和浪费，尤其是氮肥。另外，雨水进入棚内容易带来致病菌，对农作物根系有害。

多雨季节，菜农在做好棚内防雨措施的同时，对发生的返棚雨要及时补救。根系是蔬菜生长的基础，是主要的保护器官。抽水排水或晾晒后，根据蔬菜的生长情况，及时做好土壤锄草工作。采摘前，有滴灌系统的大棚可根据实际情况进行适当的井水滴灌，有利于打破地表的蓬闭，降低地温。为保护作物根系，锄地可按照 "一大一小 "的作业方式进行，作业时行大锄，种植行根据作物生长状态和根系分布情况，适当小锄（锄地面积要窄），有利于打破土壤表面的压实，增加土壤水分的蒸腾，降低土壤湿度。

及时用药灌根，预防根腐病等根部病害，如恶唑啉加生根剂。促进根系尽快恢复正常生长。如有轻微内涝，菜农应及时剥去蔬菜茎基部周围的土壤，加快水分蒸发，使部分根系与空气接触，2～3天后重新覆土。待棚内土壤见干见湿后，及时锄草。